治疗猪结肠小袋虫病可试用甲硝哒唑(灭滴灵),其他如土霉素、强力霉素、金霉素、四环素、黄连素等也可应用。该病在治疗过程中,虫体会在短时间中消失,以后还会出现,所以,要坚持定期投药。预防主要在于改善饲养管理,及时清理粪便,做好无害化处理,保持饲料、饮水的清洁卫生。对发病猪要及时进行隔离治疗。结肠小袋虫的滋养体在不利的条件下,部分变圆,分泌坚韧的囊壁包围虫体而形成抵抗力较强的包囊,常用的消毒剂不能将其有效杀灭,但包囊对高温和阳光敏感,因此,凡有此病的猪场应及时清粪,并将粪便进行生物热发酵或在阳光下曝晒,以杀灭虫体。为避免将病原传给健康猪群,病猪应由专人管理,并避免卫生工具的交叉使用。
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